L'accord est loin d'être parfait entre les Frères de l'Atelier composé comme la société de l'époque, de républicains modérés et de républicains extrémistes noyautés par des membres du Comité Socialiste Révolutionnaire, parmi lesquels Jean-Baptiste Desbordes qui deviendra Vénérable en 1900.
C'est ainsi que tous sont contre l’immixtion du clergé dans l’État, mais les uns sont partisans de le faire progressivement sans excès, les autres par la manière forte.
Le Président du Conseil, alors Waldeck-Rousseau, invoque la tradition des rois de France qui était de soumettre les gens d’Église au Droit commun, sans plus, et c'est la pensée de certains Frères appartenant à la bourgeoisie libérale contre lesquels d'autres Maçons s'opposent, partisans qu'ils sont d'un anti-cléricalisme poussé à l'extrême, craignant à juste titre que l’Église ne renouvelle cette fois encore, le coup de venir à bout de la République en se déclarant plus républicaine que les Maçons. Ces préoccupations ne font cependant pas perdre de vue le développement de la Franc-maçonnerie dans le Puy de Dôme. Des profanes de la région d’Issoire sont initiés et quelques mois plus tard, en 1901, la Loge «Raison et Solidarité» est installée dans cette ville.
Certes l'esprit de solidarité reste intact puisque l'Atelier n'hésite pas à prendre parti en faveur d'un instituteur livré à la vindicte publique pour le motif suivant : «refus de faire faire la prière avant la classe, refus également de laisser sortir avant la fin des cours les élèves qui vont au catéchisme».
Il en est de même sur le plan international où par esprit de philanthropie l'Atelier n'hésite pas à s'adresser au roi d'Angleterre pour stigmatiser les atrocités de la guerre des Boers, en lui rappelant les principes maçonniques.
Mais dès qu'il s'agit de l'Armée ou de l’Église, l'accord ne se fait plus et de guerre lasse, une partie des Frères quitte l'Atelier et fonde une deuxième Loge, «Les Philanthropes Arvernes», le 5 juillet 1901, siégeant 28, rue Gaultier de Biauzat.
Libres de toute opposition, les Frères des «Enfants de Gergovie» ne perdent pas leur temps. En 1903, ils publient une brochure sur la démocratisation des cadres de l'Armée. C'est une étude des réformes à apporter dans l'administration, la législation et les règlements militaires. Il s'agit en fait de «décléricaliser» et de démocratiser une armée dont les structures sont périmées. Les motions se mettent à pleuvoir ; successivement sont demandées :
-la suppression des écoles de la Légion d'Honneur, réservées aux enfants de militaires décorés.
-la création de patronages laïques.
-une motion invitant les républicains à combattre l'esprit clérical qui règne dans les écoles du Puy-de-Dôme.
-la publication d'un livre dénonçant le gaspillage dans l'armée.
La Loge adresse en 1904 une motion de blâme au Conseil de l'Ordre, protestant contre son indifférence dans la défense des Frères de province, en faveur desquels son intervention a été sollicitée, menaçant de porter ces faits à la connaissance des Congrès, demandant enfin la révision de la Constitution et la réorganisation du Conseil de l'Ordre qui devrait être composé à l'avenir de membres élus pour un an.
Enfin, un officier de la garnison réclame le monopole de l'enseignement au profit de l’État, ce qui entraîne entre 1904 et 1905 de regrettables incidents entre les deux Loges de Clermont-Ferrand. Mais c’est aussi en 1904 que le Frère Desbordes attaque le Préfet Joly, membres de la Loge «Les Philanthropes Arvernes» qu’il accuse d’être à l’origine de sa mutation l’École Normale de Perpignan, que le journal la République Socialiste publie sa lettre adressée au Conseil de l’Ordre et à la Loge dissidente. Sept Frères déposent un dossier de plainte contre le Vénérable Desbordes et c’est le début du désamour. Le 25 novembre 1905 il est radié pour défaut de paiement de ses cotisations.
Le travail se ralentit et la fréquentation devient médiocre malgré les efforts du Conseil de famille.
En octobre 1906, dans le cadre d’une tentative de fusion des deux Loges «Les Enfants de Gergovie» demandent à être admis dans les locaux de la place Sidoine Apollinaire appartenant aux « Philantropes Arvernes ».
Le nouveau Temple est inauguré par les deux Loges le 24 novembre 1906 et accueille ensuite de nombreuses tenues communes. Cependant l'accord ne peut se réaliser et le malaise durera jusqu' au 18 novembre 1911 où le vote de la fusion des deux Loges est repoussé. Ce n'est qu'après la Grande Guerre que les Maçons des deux Loges clermontoises se retrouveront réunis sur les Colonnes d'un même Temple, toujours place Sidoine Apollinaire.
Cependant en 1908, des Frères de la loge, et en particulier François Dionnet, dont l’épouse Claudine avait été initiée à la loge parisienne « Maria Deraisme », aident le Droit Humain à installer à Clermont-Ferrand sa première Loge en Auvergne qui prend pour nom «Arya».
Jusqu'en 1914, rien dans le compte rendu des travaux de la Loge ne laisse présager la catastrophe mondiale qui va durer plus de quatre années.