Clermont-Ferrand est déclarée ville ouverte à l'arrivée des troupes allemandes, le 21 juin 1940.
Qu'est devenue la Loge sous le gouvernement de l’État français installé à Vichy ?
-Les archives : un de nos Frères enfouit les registres-matricules sous des livres des «Ponts et Chaussées» dans un service de la Préfecture.
-Le Livre d'or de l'Atelier est caché et sera retrouvé après le conflit.
-Les deux cahiers de procès-verbaux des Tenues du 4 novembre 1924 au 4 mai 1940 sont dissimulés chez un Frère.
-La caisse hospitalière (13.000 francs) est mise à l'abri par le Frère Trésorier.
-Les épées sont cachées par le Frère A. près du lac Chambon.
-Les locaux sont réquisitionnés et mis sous séquestre le 17 février 1941 avec effet rétroactif au 12 décembre 1940.
Pendant l'occupation allemande des Tenues clandestines sont organisées dans l’arrière-salle du « Café National », place Gaillard. Un Profane y a été initié le 5 novembre 1940 et, en octobre de la même année et le 5 juin 1941, trois Frères y ont obtenu une augmentation de salaire.
Il faut aussi signaler une initiative courageuse : une lettre au Maréchal Pétain rédigée par des Frères, vraisemblablement en novembre 1942, après l’occupation de la zone libre par l'armée allemande, prenait la défense des Juifs qui étaient soumis aux mêmes règles que celles appliquées en Allemagne.
Des petits groupes de Maçons se retrouvaient de-ci, de-là, mais tout endroit devenait dangereux. C'était en 1942. La Gestapo, la Milice, les tristes personnages de l'Office de placement allemand faisaient parler de leur sinistre besogne.
Dissoute, la Loge ne participe pas effectivement à la Résistance. La dispersion est quasi totale parmi ses membres. Mais de nombreux Frères sont victimes de la répression nazie.