L'avènement du gouvernement Pétain interrompt pendant 4 ans les travaux de l’Atelier En 1940, le temple est envahi par des membres du Parti Populaire Français qui s'emparent du buste du Vénérable Patrice et qui vont le « pendre » à un arbre du parc des Sources en criant « mort aux Juifs, mort aux Francs-maçons ». La presse collaborationniste de l'époque s’en fit l’écho avec contentement.
Quatre Frères auteurs de fausses déclarations de non-appartenance à la Franc-Maçonnerie sont traduits en correctionnelle et révoqués de la fonction publique. Deux autres sont relevés de leur fonction.
Lorsqu’un nouveau régime s’instaure, il se trace généralement parmi ses tâches premières et essentielles de découvrir des ennemis intimes qu’il importe de mettre au plus vite hors d’état de se manifester et de punir pour ce qu’il ont pu ou pourraient faire. Dans une France vaincue, avec un pouvoir imbu de thèses nationalistes, ceux à mettre hors du droit étaient en quelque sorte définis par les campagnes habituelles de l’Extrème-Droite qui allaient pouvoir passer du stade de la polémique à celui de l’exécution. La première manifestation d’ostracisme intervient avec la loi du 13 août 1940 sur les sociétés secrètes.
Des Francs-maçons de la Loge « La Cosmopolite » s'inscrivent dans la Résistance : Du réseau Alliance (réseau de renseignement implanté sur tout le territoire à partie de 1941, rattaché à l’Intelligence Service qui compta jusqu'à 3000 agents), Jean Sabatier meurt en déportation et Jean Bouteille (alias V.410) est arrêté le 22 avril 1943, avec sa fille également résistante, à leur domicile 36, rue du Sénateur Gacon à Vichy. Jean sera fusillé au Mont-Valérien le 4 octobre 1943 et sa fille sera déportée au camp de Ravensbrück, elle sera libérée le 5 mai 1945.
Gilbert James : rédacteur à la sous-préfecture de Lapalisse, est licencié par le gouvernement de Vichy, puis interné au camp Nexon (haute vienne). On lui reprochât d’oeuvrer pour la réorganisation de l’administration préfectorale. Libéré, il reprend le combat avec l’AS (Armée Secrète) et assura de nombreuses liaisons. La gestapo l’arrête le 29 janvier 1944. Il est déporté en Allemagne ; épuisé, il meurt peu après son retour en 1945. Une rue de Lapalisse porte son nom.
Fernand Lafaye est tué en combattant face à l'ennemi au maquis du Mont Mouchet, son nom a été donné à l'école Carnot qui, au début du siècle, était considérée par les Frères de Loge « La Cosmopolite » comme leur école et qu'ils dotaient de prix et d'attention, et qui maintenant par une étrangeté de l'histoire porte pour longtemps le nom d'un valeureux Maçon de « La Cosmopolite ». Son nom a été donné aussi à une rue de Cusset.
René Jeux, membre d'un réseau de renseignements de l’A.S. à Lyon, est arrêté en 1944 par les allemands avec un dénommé Bouchardy du Mont Dore en possession de documents compromettant; ils devaient être fusillés; ils doivent leur libération inopinée à un certain Prié, délégué à la propagande de Clermont-Ferrand cherchant à sauver sa peau.
Georges Rougeron, responsable du Parti Socialiste clandestin, est arrêté le 1er octobre 1942 et interné administrativement au camp de Saint-Paul d’Eyjeau. Il sera libéré comme malade en novembre 1943. Il sera membre du Comité Départemental de la libération.
Jean Baptiste Vivier, que certains ont connu, est Lieutenant F.F.I. ; activités clandestines de 1942 à 1944, liaisons, renseignements, recrutement, camouflage et hébergement de résistants.
On ne peut oublier aussi le Frère Charles Rispal né en 1893, instituteur, initié à Loge « La Cosmopolite » le 10 juillet 1920, affilié à la loge « Equerre » Orient de Moulins en 1929. Décédé à Artheim, kommando du camp de Mathausen. L’acte de décès est remis à sa famille en juin 1946 .
La première liste de Francs-Maçons parut à l’Officiel du 12 août 1941. Un total de 136 noms étaient publiés jusqu’au 24 juillet 1944. Y figurait également le Frère Marcel Régnier ancien ministre, député et sénateur de l’Allier circonscription de Lapalisse. Celui-ci fit publier dans la presse une note de désaveu destinée à effacer toute impression défavorable : «je suis plus qu’étonné de me voir figurer parmi les dignitaires de la Franc-Maçonnerie. En effet par suite de divergences politiques, je m’en suis séparé avec éclat en 1932 lorsqu’on me reprochait de soutenir par mes votes au Sénat les Ministères Tardieu et Laval....» Six mois plus tard le décret du 12 avril 1942 lui accordait en termes élogieux une complète satisfaction. Le Progrès publiait un document sous le titre : «un hommage officiel à M. Régnier» commentait : «il est superflu de souligner que ce texte équivaut à une véritable citation civique. Celui qui en tirait gloire devait pourtant ses débuts dans la vie publique à l’appui actif des Loges de Moulins et de Vichy...»
Déchet, Vénérable de la Loge « La Cosmopolite » à la déclaration de guerre sera Président du Comité local de Libération.
Cette période de l’occupation nazie et le régime de Vichy constituent les heures noires de l’histoire de la Franc-Maçonnerie. Pour autant cette période marque aussi, par l’héroisme de nombreux Frères du Grand Orient de France la victoire des lumières sur l’obscurantisme, le totalitarisme et l’antisémitisme.
Au réveil de la Loge en 1945, toutes les demandes de réintégration sont examinées et certains Frères ne devront pas réapparaître sur les colonnes.
Courant 1946, la famille Patrice qui avait pu récupérer le buste du vénérable après sa pseudo pendaison dans le parc des Sources le remit à nouveau à l’atelier.« pendre »