A la fin des années 1990, en pleine période de lutte anti cléricale, l'accord est loin d'être parfait entre les Frères de la Loge « les Enfants de Gergovie » composée, comme la société de l'époque, de républicains modérés et de républicains extrémistes noyautés par des membres du Comité Socialiste Révolutionnaire, parmi lesquels Jean-Baptiste Desbordes qui deviendra Vénérable en 1900.
Et dès qu'il s'agit de l'Armée ou de l’Église, l'accord ne se fait plus et de guerre lasse, une partie des Frères quitte l'Atelier et fonde une deuxième Loge, «Les Philanthropes Arvernes», Orient de Clermont-Ferrand, le 5 juillet 1901, siégeant 28, rue Gaultier de Biauzat.
Composée de Frères plus modérés elle comprenait notamment Jean Baptiste Marrou qui fut élu député en 1909 et le Préfet Joly que Desbordes, Vénérable de la Loge « Les Enfants de Gergovie », attaqua publiquement pour l’action qu’il aurait mené pour obtenir sa mutation à Perpignan.
Mais la Loge continue un travail de réflexion et publie en juin 1903, en réponse à une question soumise à l'étude des Loges du Grand Orient de France, une élaboration d’un code de la paix.
En 1906, un membre de la Loge, le Frère de Mourgues, Procureur de la République, constitue la «Société immobilière de la place Sidoine Apollinaire», qui devient propriétaire des locaux du 26 place Sidoine Apollinaire. En octobre 1906, «Les Enfants de Gergovie» demandent à être admis dans ces locaux. Des pourparlers entre les Conseils de famille des deux Loges aboutissent à ce qu'elles participeront pour moitié aux frais de la Société immobilière.
Le nouveau Temple est inauguré par les deux Loges le 24 novembre 1906 et accueille ensuite de nombreuses tenues communes.
Au cours de la tenue du 8 février 1908, le Frère Dionnet Vénérable de la Loge « Arya », première Loge du Droit Humain créée en Auvergne, remercie les frères des «Philantropes Arvernes » pour avoir apporté une aide à la création de sa Loge et, notamment, en accueillant la nouvelle loge mixte dans leur temple.
La situation de tension entre les deux Loges clermontoises du GODF se maintiendra jusqu’à la mise en sommeil de la Loge «Les Philanthropes Arvernes» qui sera décidée le 29 décembre 1917, et ce n'est qu'après la Grande Guerre que les Maçons des deux Loges se retrouveront réunis sur les colonnes d'un même Temple, toujours place Sidoine Apollinaire.