Les premiers mois du conflit endeuillent de nouveau la loge. Ainsi le printemps1940 voit le décès de plusieurs Frères : le capitaine Octave Lepineux, vétéran de la Première Guerre Mondiale, mort le 24 mars 1940 à Pfaffenhoffen (67), Charles Auguste Giraudet le 26 mai 1940 à Berhen lès Forbach (57), et Théodore Albert Lamoine le 2 juin 1940 à Lille (59).
Le 21 juin 1940, les premiers éléments de la Wehrmacht, signalés depuis le 17, entrent dans Montluçon après que le raid d’une escadrille allemande ait fait, le19 juin, 68 morts et une soixantaine de blessés en trente secondes. Pendant une dizaine de jours, on voit déambuler dans les rues les soldats allemands.
En juillet 1940, la Loge «Union et Solidarité» est dissoute.
Le11 novembre1942: une seconde invasion a lieu avec l’occupation de la caserne Richemont et l’installation de la Sipo SD (Gestapo pour les français) dans un hôtel en ville. Comme partout ailleurs en France, Montluçon connait son lot d’arrestations, de tortures et d’exécutions avec pour point culminant le 14 août 1944 où 42 personnes sont massacrées à la carrière des «Grises», sur l’ordre du chef de la Sipo SD Peter Dorscht. Parmi les victimes figurait un Franc-maçon: Aimé Léonard Monteil, né le 19 janvier 1899 à Chénerailles, où il exerçait la profession de coiffeur. Il était affilié à la Loge « Les Préjugés Vaincus» de Guéret. Chef local des FFI, il est arrêté le 9 août 1944. Emmené dans un premier temps au lycée de Guéret, il ne nia pas, mais tout au contraire, il nargue les allemands. Il est incarcéré dans la prison de Montluçon le 12 août et assassiné deux jours plus tard.
Beaucoup de Frères furent inquiétés sous l’Occupation : Les Frères Rémi Auroyer, André Boucherat et Alexandre Hay, enseignants, furent démissionnés d’office. Le Frère Jean Michel Clément, conservateur du musée de Montluçon, fut perquisitionné cinq fois. Les Frères Pierre Moret et André Beaune furent interrogés par la police et furent aussi perquisitionnés. Le Frère Henri Provandier, membre du groupe Combat de Lyon, mis sous surveillance policière, eut droit à 7 visites domiciliaires, et fut perquisitionné quatre fois, dont une de nuit par la Gestapo. Il n’échappa à l’internement qu’en raison de son grand âge.
Assiégés depuis cinq jours par les F.F.I., le jeudi 24 août 1944, les derniers allemands, sous le commandement du lieutenant colonel Borgsmarch quittent la caserne Richemond. Ils avaient les deux jours précédents incendié 113 maisons et fait 700 sinistrés à Montluçon. La veille, la population avait pris connaissance à 12h30 par la BBC de la Libération de Paris.
Mais ce n’est que le 26 août 1944 après les combats de Quinssaines contre une colonne de 2.000 hommes se repliant de Limoges que Montluçon est définitivement libérée par la symbolique prise de possession de la sous-préfecture par le Comité Départemental de Libération et les F.F.I..